无公害农产品、绿色食品、有机食品都是经质量认证的农产品。无公害农产品是绿色食品和有机食品发展的基础，绿色食品和有机食品是在无公害农产品基础上的进一步提高。无公害农产品、绿色食品、有机食品都注重生产过程的管理，无公害农产品和绿色食品侧重对影响产品质量因素的控制，有机食品侧重对影响环境质量因素的控制。三者在目标定位、质量水平、运作方式和认证方法等方面存在不同：
1.目标定位：无公害农产品是为了规范农业生产，保障基本，满足大众消费；绿色食品是为了提高生产水平，满足更高需求、增强市场竞争力；有机食品则是为了保持良好生态环境，人与自然的和谐共生。
2.质量水平：无公害农产品达到中国普通农产品质量水平；绿色食品达到发达国家普通食品质量水平；有机食品达到生产国或销售国普通农产品质量水平。
3.运作方式：无公害农产品采取政府运作，公益性认证，认证标志、程序、产品目录等由政府统一发布，产地认定与产品认证相结合；绿色食品采取政府推动、市场运作，质量认证与商标使用权转让相结合；有机食品属于社会化的经营性认证行为，因地制宜、市场运作。
4.认证方法：无公害农产品和绿色食品认证依据标准，强调从土地到餐桌的全过程质量控制；检查检测并重，注重产品质量。有机食品实行检查员检查制度；在国外通常只进行检查，在国内一般以检查为主，检测为辅，注重生产方式。
5.认证机构：无公害农产品认证由农业部农产品质量检测负责；绿色食品认证由中国绿色食品发展负责；农业部门的有机食品认证由农业部中绿华夏有机食品认证负责。
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