绿色食品标准包括产地环境质量标准、生产资料使用标准、生产过程标准、产品标准、包装和标签标准、贮藏和运输标准以及其他相关标准，这些标准共同构成一个“从土地到餐桌”的全程质量控制标准体系。目前绿色食品执行标准是由农业部发布的推荐性行业标准（NY/T）。对于绿色食品生产企业来说，是强制性标准，须严格执行。
已经颁布和执行的绿色食品标准如下：
1.产地环境质量标准
绿色食品 产地环境技术条件（NY/T391-2000）
绿色食品 产地环境调查、监测与评价导则（NY/T1054-2006）
2.生产技术标准
绿色食品 食品添加剂使用准则（NY/T392-2000）
绿色食品 农药使用准则（NY/T393-2000）
绿色食品 肥料使用准则（NY/T394-2000）
绿色食品 饲料和饲料添加剂使用准则（NY/T471-2001）
绿色食品 兽药使用准则（NY/T472-2006）
绿色食品 动物卫生准则（NY/T473-2001）
绿色食品 渔药使用准则（NY/T755-2003）
3.产品质量标准见《绿色食品产品标准适用目录》
目前公布了117个产品标准。
4.包装储运标准
绿色食品 包装通用准则（NY/T658-2002）
绿色食品 贮藏运输准则（NY/T1056-2006）
《中国绿色食品商标标志设计使用规范手册》
5.产品检测标准
绿色食品 产品抽样准则(NY/T896-2004)
绿色食品 产品检验规则（NY/T1055-2006）
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